ホールディングス（HD）を作ると、資産の大半が子会社株式になり、株式等保有特定会社として原則は純資産価額方式で評価されます。「どうすれば外れるのか」というご質問はよくいただきますが、答えは「判定の式の分子と分母のどちらを、何のために動かすか」を考えることから始まります。
この記事では、株式等保有特定会社の判定を分子・分母に分解し、HDの資産構成を見直す方法と、それぞれの注意点を整理します。判定の基準や評価方法（純資産価額方式・S1＋S2方式）そのものは株式保有特定会社とは？で解説しています。数字はすべて説明用に作った例です。
- 判定は「株式等の相続税評価額 ÷ 総資産の相続税評価額」が50%以上かどうか（財産評価基本通達189(2)）。50%ちょうどは該当
- 分子の「株式等」には、外国株式や株式制ゴルフ会員権も入る。投資信託の受益証券や匿名組合出資は入らない（国税庁 質疑応答事例）
- 見直しの方向は、①子会社からの配当でHDに資金を移す、②HDがグループの事業用不動産を持つ、③管理機能や事業をHDに置く、の3つ
- 不動産を増やしすぎると土地保有特定会社に移るだけのこともある。3年以内取得の不動産は通常の取引価額で評価される
- 合理的な理由のない変動はなかったものとして判定（189なお書）。外すこと自体を目的にせず、承継と財務の目的から組み立てる
判定の式を分解する
財産評価基本通達189(2)は、課税時期に評価会社が持つ各資産を通達で評価した価額の合計のうち、株式・出資・新株予約権付社債（株式等）の価額の合計の割合が50%以上の会社を、株式等保有特定会社としています（財産評価基本通達189・189-3）。
判定で見落としやすいのは、次の2点です。
1つは、分子の子会社株式も相続税評価額で計算することです。子会社株式を純資産価額で評価する場合は、子会社の段階で評価差額の38%を控除しません（評基通186-3の注、評価明細書第5表の記載方法）。帳簿上は子会社株式が小さくても、子会社が利益を積み上げていれば、判定上の分子は大きくなります。純資産価額の計算の手順は純資産価額方式の計算と評価差額の38%控除で確認できます。
もう1つは、分子に入る「株式等」の範囲です。国税庁の質疑応答事例は、次のように整理しています（判定の基礎となる「株式等」の範囲）。
| 分子の「株式等」に入る | 分子に入らない |
|---|---|
| 子会社株式・その他の非上場株式・上場株式 | 証券投資信託の受益証券 |
| 外国株式 | 匿名組合への出資 |
| 証券会社が商品として持つ株式 | 民法上の組合等への出資 |
| 株式制のゴルフ会員権 | |
| 特定金銭信託で運用する株式（実質的に所有と認められるもの） |
判定は所有目的や所有期間に関係なく、すべての株式等を合計します。余資運用で上場株式を持っている場合も分子に入ります。
基準が50%になった経緯
かつては、大会社は株式等の割合が25%以上で株式保有特定会社とされていました。東京高裁平成25年2月28日判決が、平成9年の独占禁止法の改正で持株会社が解禁された後の状況では、25%という基準はもはや資産構成が著しく株式等に偏っているとまではいえないと判断したことを受け、国税庁は大会社の基準を50%に引き上げました（国税庁 通達改正の解説（平成25年5月））。中会社・小会社はもともと50%だったため、これで会社規模にかかわらず50%となりました。その後の改正で、新株予約権付社債も株式等に加わっています。
この経緯から読み取れるのは、株式等保有特定会社の制度は「資産構成が著しく株式等に偏った会社」を、上場会社と比べる類似業種比準方式から外すためのものだということです。HDの資産構成を見直すときも、「グループの中でHDが実際に何を担っているか」が資産に表れているかどうかが問われます。
見直しの方法1：子会社からの配当で資金をHDに移す
子会社が配当を払うと、子会社の純資産が減って子会社株式の評価が下がり（分子が減る）、HDの現預金が増えます（分母の株式等以外が増える）。
HDが子会社の株式を100%持っている場合、その配当は完全子法人株式等からの配当として、全額が益金不算入になります（法人税法23条）。グループの資金をHDに集めて、借入の返済や新規事業、承継の資金に回す使い方は、資産構成の見直しとも一致します（HDの受取配当は非課税、グループの資金配分）。
ただし、注意点もあります。
- 子会社を類似業種比準方式で評価している場合、配当金額は比準要素の一つなので、配当を増やすと子会社の株価が上がる方向にも働きます（評基通183(1)）
- 子会社の財務が薄くなると、子会社単体での借入や許認可の財産要件に影響します（業種別のBS維持要件）
- HDに現預金を積んだまま置いておくと、資産管理会社の色が濃くなります
試算：配当と事業用不動産の組み合わせ
| HDの資産（相続税評価額、万円） | 現状 | 配当を受けた後 | 本社不動産を取得した後 |
|---|---|---|---|
| 子会社株式 | 36,000 | 30,000 | 30,000 |
| 現預金 | 4,000 | 10,000 | 3,000 |
| 本社の土地・建物（子会社に賃貸） | 0 | 0 | 11,000 |
| その他 | 2,000 | 2,000 | 2,000 |
| 総資産 | 42,000 | 42,000 | 46,000 |
| 株式等の割合 | 85.7%（該当） | 71.4%（該当） | 65.2%（該当） |
この例では、子会社が6,000万円を配当し、さらに子会社が持っていた本社不動産をHDが1億1,000万円で取得（現預金7,000万円と借入4,000万円で支払い、子会社の評価は売却代金に置き換わるだけで変わらないと仮定）しても、まだ50%を超えています。配当や不動産の移転だけで外すには、子会社の価値に対して相当な規模の資産の入れ替えが必要で、その規模の組み替えは、なお書や総則6項の観点からも理由を問われやすくなります。
見直しの方法2：HDがグループの事業用不動産を持つ
グループの会社が使う本社・工場・倉庫・店舗をHDが持ち、適正な家賃で子会社に貸す形は、事業会社の決算書を軽くし、不動産の承継先を一本化できる点で、承継と財務の両面に意味があります（HDが不動産を持ち子会社に貸す）。
株式等保有特定会社の判定との関係では、次の点に注意します。
| 注意点 | 内容 |
|---|---|
| 3年以内取得の不動産 | 課税時期前3年以内に取得・新築した土地・建物は通常の取引価額で評価（評基通185）。取得直後は分母の不動産が大きく計上される一方、純資産価額も下がらない |
| 3年経過後 | 路線価や固定資産税評価額での評価になり、分母が小さくなって割合が戻ることがある |
| 土地保有特定会社 | 土地等の割合が、大会社は70%以上、中会社は90%以上などで該当し、こちらも純資産価額方式（評基通189(3)）。株式等の割合を下げたつもりが、土地保有特定会社に移るだけのことがある |
| 子会社からの移転 | 子会社から不動産を買うと、子会社には譲渡損益、HDには借入と返済が生じる。100%グループ内の譲渡損益の繰延べ（法人税法61条の11）の対象になるかも確認する |
土地保有特定会社の判定は土地保有特定会社とHD、会社規模の区分はHDの会社規模の判定をご覧ください。
M&A仲介役員・FAS出身の公認会計士の経験をもとに、株主構成の整理、株価算定、親族内承継、外部への売却とデューデリジェンスまで支援します。初回のご相談は無料です。
事業承継・M&A支援を見る見直しの方法3：管理機能や事業をHDに置く
経理・人事・システム・資金管理などの管理部門をHDに集め、子会社から経営指導料や業務委託料を受け取る形にすると、HDに人と固定資産と売上が生まれます（HDが子会社から受け取る経営指導料）。新規事業をHDの直轄で始める、グループ外向けの事業を持つ、といった形もあります（HDで新規事業を始める）。
この方法は、資産構成の割合を大きく動かすものではありません。ただ、HDが実際に事業の機能を持つと、次のような効果があります。
- 株式等保有特定会社のままでも、S1＋S2方式で、S1の部分（株式等以外の部分）に類似業種比準方式が働きやすくなる（評基通189-3）
- 受取配当以外の収益があることで、比準要素数1の会社に当たりにくくなる
- 経営指導料が実態に合っていれば、資産構成の変動に「合理的な理由」があると説明しやすい
HDの株価を下げることだけを目的に、実態のない経営指導料を取ると、子会社側で損金算入が否認されるリスクもあります。料金の根拠と業務の実態を記録しておくことが前提です。
189なお書と総則6項：外すこと自体を目的にしない
財産評価基本通達189のなお書は、課税時期前に合理的な理由もなく資産構成が変動し、その変動が株式等保有特定会社と判定されるのを免れるためと認められるときは、その変動はなかったものとして判定するとしています。
増資で株式等の割合を下げた資産管理会社の株式の評価が争われた東京地裁令和7年1月17日判決のように、総則6項の適用が否定された裁判例もありますが、判決は資産構成の変動の理由が問われうることも示しています。詳しくは総則6項と株式評価とHD化と総則6項のリスクをご覧ください。
銀行から見た資産構成の見直し
資産構成の見直しは、銀行の評価にも直結します。HDが子会社から本社不動産を取得するために借入をすれば、HDと子会社を合算した連結の借入金は変わらないか増えます。銀行は、グループ全体の債務償還年数や実態純資産で見るのが一般的です。
著書のモデルでは、債務償還年数を（借入金−現預金）÷（経常利益＋減価償却費−法人税等）で計算し、10年以内を健全としています。株価のために借入で資産を膨らませると、この年数が延び、承継後の後継者が融資を受けにくくなることがあります。
反対に、子会社の配当を原資にHDが借入を返済する、本社不動産をHDに集めて事業会社の決算書を軽くする、といった見直しは、グループの財務の見え方を良くする効果もあります（事業会社のBSを軽くする、HDの配当を返済原資にする融資）。株式等保有特定会社を外れるかどうかは、その結果としてついてくるもの、と考えるのが安全です。
まとめ
- 株式等保有特定会社の判定は、株式等の相続税評価額が総資産の50%以上かどうか。50%ちょうどは該当
- 分子の子会社株式は相続税評価額で計算し、純資産価額で評価する場合は38%を控除しないため大きくなりやすい
- 見直しの方向は、子会社からの配当、事業用不動産の保有、管理機能・事業の集約。いずれも単独で50%未満にするのは簡単ではない
- 3年以内取得の不動産の評価、土地保有特定会社への移り替わり、類似業種比準方式での配当要素の上昇に注意する
- 189なお書・総則6項があるため、外すこと自体を目的にせず、承継と財務の目的から、時間をかけて組み立てる
クレフティでは、HDの株式等保有特定会社の判定とS1＋S2方式の試算、資産構成の見直しと金融機関との調整まで、事業承継・M&A支援の中でご相談をお受けしています。初回のご相談は無料です。担当者がお話を伺い、その後は担当の公認会計士・税理士やコンサルタントが対応します。