会社を設立すると、法務局での登記が終わったあとに、税務署・都道府県・市区町村へいくつもの届出が必要になります。その中で、出し忘れたときの影響がいちばん大きいのが、法人の青色申告の承認申請書です。期限は設立1期目なら「設立の日以後3か月」が目安で、これを過ぎると1期目は白色申告となり、創業期の赤字を将来に繰り越せないなど、あとから取り返せない不利益が生じます。
この記事では、法人の青色申告の承認申請の期限と数え方を国税庁の公表内容に沿って整理し、1期目が短い場合の特例、承認の通知が来ないときの扱い（みなし承認）、出し忘れたときに失うもの、そして銀行が青色申告をどう見ているかまでを、スタートアップの資金調達を支援してきた税理士法人の目線で解説します。
- 法人の青色申告の承認申請書は、原則として青色申告にしたい事業年度の開始の日の前日までに、納税地の所轄税務署長へ提出する
- 設立1期目は、設立の日以後3か月を経過した日と1期目の終了日のうちいずれか早い日の前日まで。4月1日設立・3月決算なら6月30日
- 1期目が3か月未満の場合は、2期目について同じ考え方で期限を計算する特例がある
- 期限内に出していれば、事業年度の終了日（中間申告が必要な法人は開始から6か月を経過する日）までに処分がなければ承認があったものとみなされる
- 出し忘れると1期目は白色申告。欠損金の繰越控除などが使えず、創業期の赤字が「なかったこと」になる。銀行に出す申告書にも青色かどうかが表れる
法人の青色申告とは｜「帳簿をきちんとつける会社」への特典
法人税の申告には、青色申告と白色申告があります。青色申告は、法律で定められた帳簿書類を備え付けて取引を記録し、保存することを条件に、税務署長の承認を受けて青色の申告書で申告する制度です。きちんと帳簿をつける会社には、税金の計算上の特典が与えられます。
個人事業主の青色申告（65万円控除など）はよく知られていますが、法人の青色申告には「○万円の控除」という特典はありません。その代わり、会社の経営に長く効いてくる特典がそろっています。
| 主な特典 | 内容 | 白色申告の場合 |
|---|---|---|
| 欠損金の繰越控除 | 青色申告の事業年度に出た赤字を、10年間繰り越して将来の黒字と相殺できる（平成30年4月1日以後に開始した事業年度の欠損金） | 繰り越せない |
| 欠損金の繰戻し還付 | 中小法人等は、赤字の期に、前期に払った法人税の還付を受けられる | 使えない |
| 少額減価償却資産の特例 | 中小企業者等は、取得価額40万円未満の減価償却資産を、年間合計300万円まで取得した期に全額損金にできる（令和8年4月1日以後に取得したもの。令和11年3月31日まで） | 使えない（10万円未満の少額資産や、20万円未満の一括償却資産の扱いは別） |
| 特別償却・税額控除 | 中小企業向けの設備投資や賃上げの税制など、租税特別措置法の多くの特例 | 原則として使えない |
この中でスタートアップにとって特に重いのが、1行目の欠損金の繰越控除です。創業期は、人件費や広告費、開発費が先行して赤字になるのが普通です。その赤字を将来の黒字と相殺できるかどうかは、黒字化した年の税負担、つまり手元に残る現預金を大きく左右します。繰越欠損金のルールの詳細は繰越欠損金とは｜10年使える条件と青色申告で解説しています。
なお、少額減価償却資産の特例は、令和8年度の税制改正で取得価額の基準が30万円未満から40万円未満に引き上げられ、対象となる法人の従業員数の基準も400人以下に見直されています。貸付けの用に供した資産（主要な事業として行うものを除く）は対象外になるなど細かな要件があるため、設備を買う前に確認してください。
青色申告の承認申請の期限｜設立1期目は「3か月」がカギ
国税庁の手続案内（C1-19 青色申告書の承認の申請）では、提出期限は次のように定められています。
| ケース | 提出期限 |
|---|---|
| 原則（すでにある会社が、翌期から青色申告にする） | 青色申告にしたい事業年度の開始の日の前日まで |
| 普通法人の設立1期目 | 設立の日以後3か月を経過した日と1期目の終了日のうち、いずれか早い日の前日まで |
| 設立から1期目の終了日までが3か月未満の場合の2期目 | 設立の日以後3か月を経過した日と2期目の終了日のうち、いずれか早い日の前日まで |
具体的な日付で考えてみましょう。
- 4月1日設立・3月決算：設立の日以後3か月を経過した日は7月1日、1期目の終了日は翌年3月31日。早いほうは7月1日なので、その前日の6月30日が期限です
- 10月1日設立・9月決算：同じ考え方で、12月31日が期限です（年末年始は税務署の窓口が閉まるため、e-Tax での提出か、早めの提出を）
- 2月1日設立・3月決算：1期目の終了日（3月31日）が、設立の日以後3か月を経過した日より早いため、1期目について出すなら3月31日の前日が期限になります。1期目が3か月未満なので、2期目から青色申告にするための申請を、設立の日以後3か月を経過した日の前日まで（この例では4月30日まで）に出すこともできます
1期目が3か月未満になるケースは、決算期を設立直後に置いた場合に起こります。決算期の決め方は決算期（事業年度）の決め方も参考にしてください。期限の日付が土日・祝日に当たる場合の扱いや、自社のケースの正確な期限は、提出前に税務署か税理士に確認するのが確実です。
提出先は納税地の所轄税務署長で、e-Tax で提出できます。書面の場合は申請書を1部、持参または送付します。国税庁の案内では、令和8年10月1日以後に申請する場合、申請書の一部の欄（承認を受けようとする事業年度終了の日など）は記載不要とされています。
承認の通知が来なくても大丈夫？｜みなし承認と却下・取消し
申請書を出したのに、税務署から何も届かないことがあります。これは珍しいことではありません。
国税庁の手続案内では、申請書を提出した場合に、青色申告で申告しようとする事業年度の終了の日（その事業年度について中間申告書を提出すべき法人は、事業年度開始の日以後6か月を経過する日）までに承認または却下の処分がなかったときは、その日に承認があったものとみなされるとされています。期限内に出してさえいれば、通知が来ないことを心配する必要はありません。
ただし、次の点には注意が必要です。
- 提出した証拠を残す：e-Tax の受信通知、書面なら控えに受付印をもらう（または送付の記録を残す）。数年後に「出したはず」が問題になることがあります
- 却下されることもある：帳簿書類の備付け・記録・保存が法令どおりでないと認められる場合などには、申請が却下されることがあります
- 承認後に取り消されることもある：帳簿書類が適正でない場合や、2期続けて申告期限までに申告書を出さなかった場合などには、青色申告の承認が取り消されることがあります。取り消されると、その期以降、欠損金の繰越控除などの特典を使えなくなります
「申請したら終わり」ではなく、毎期、期限内に、帳簿に基づいた申告をすることが、青色申告を続ける条件だと考えてください。
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スタートアップ・ベンチャー支援を見る出し忘れたらどうなる？｜白色申告で失うもの
青色申告の承認申請を期限までに出さなかった場合、その事業年度は白色申告になります。期限後に申請しても、その事業年度に遡って青色申告にすることはできません。
白色申告の1期目に赤字が出た場合、その赤字は翌期以降に繰り越せません。たとえば、1期目に1,000万円の赤字、2期目に1,000万円の黒字だったとします。
| 1期目 | 2期目の課税所得 | 2期目の法人税等 |
|---|---|---|
| 青色申告で1,000万円の赤字 | 0円（1期目の赤字と相殺） | 法人税・事業税の所得割はかからない（住民税の均等割はかかる） |
| 白色申告で1,000万円の赤字 | 1,000万円 | 1,000万円の所得に対して法人税等がかかる |
通算すると利益はゼロなのに、白色申告だった会社だけが、2期目に数百万円単位の税金を払うことになります。創業期の現預金は、事業を伸ばすための大切な原資です。その現預金が、申請書1枚の出し忘れで税金として出ていくことになります。
出し忘れに気づいたら、すぐに翌期から青色申告にする申請（翌期の開始の日の前日まで）を出しましょう。1期目の失敗を2期目以降に持ち越さないことが大切です。
設立直後には、青色申告のほかにも期限のある届出が続きます。主なものを並べると次のとおりです。
- 法人設立届出書（税務署。設立の日以後2か月以内）
- 青色申告の承認申請書（税務署。この記事の期限）
- 給与支払事務所等の開設届出書（税務署。役員報酬を払う場合も対象）
- 源泉所得税の納期の特例の承認に関する申請書（税務署。任意）
- 消費税の届出（免税・課税の判定に応じて。新設法人の消費税を参照）
- 都道府県・市区町村への法人設立届
届出全体の流れは会社設立の費用と流れ、1期目の税金の支払い時期は法人1期目の税金スケジュールで解説しています。
銀行は青色申告をどう見るか
ここからは、税金の計算とは別の、融資の目線の話です。
銀行や日本政策金融公庫に融資を申し込むと、決算書だけでなく、法人税の申告書の写しの提出を求められるのが一般的です。申告書の別表一には、青色申告かどうかが表示されます。銀行の担当者は、申告書の受付の記録（税務署の受付印や e-Tax の受信通知）とあわせて、こうした点も目にしています。
青色申告そのものが融資の条件になるわけではありません。ただ、創業期の会社を見る銀行の担当者にとって、「設立直後の届出をきちんと期限内に済ませている会社か」は、経営管理の姿勢を測る一つの材料になります。逆に、白色申告のままの申告書や、欠損金を繰り越せていない申告書を見ると、「設立時に専門家が関与していなかったのでは」「帳簿の信頼性は大丈夫か」という目で決算書全体を読まれることになりかねません。
もう一つ見逃せないのが、黒字化した年の納税額です。銀行は、返済の原資を「税引後の利益＋減価償却費」で見ます。欠損金を繰り越せず、黒字化した年に本来より多い税金を払えば、その分だけ返済原資と純資産が減ります。著書でお伝えしている「払った税金の2倍、会社は強くなる」は、利益を出して適正に納税し、純資産を積み上げる会社が銀行から評価される、という意味です。欠損金を使えるはずだったのに使えなかった税金は、会社を強くしない、払わなくてよかった税金です。
融資の審査で決算書がどう読まれるかは、創業融資の審査のポイント（日本政策金融公庫）でも解説しています。
設立時に押さえておきたい実務のポイント
青色申告の承認申請を確実に出し、特典を活かすために、設立の前後で次の点を確認しておきましょう。
- 設立日と決算期を決めた時点で、期限を逆算する：設立日が決まれば、青色申告の申請期限も決まります。登記申請の日が設立日になるため、登記のスケジュールと一緒に届出の期限を一覧にしておきます
- 法人設立届出書と同時に出す：設立届と同じタイミングで出してしまえば、出し忘れはまず起こりません。e-Tax なら、複数の届出をまとめて提出できます
- 会計ソフトと帳簿の体制を最初に整える：青色申告の前提は、複式簿記による帳簿と証憑の保存です。1期目から月次で試算表を作る体制にしておけば、銀行に途中経過を見せるときにも役立ちます
- 欠損金が出た期の帳簿書類を保存する：欠損金の繰越控除を使うには、欠損金が出た期の帳簿書類を保存しておく必要があります。保存期間は、欠損金が生じた事業年度の分は通常より長くなるため、10年は捨てないつもりで管理します
- 毎期、期限内に申告する：申告期限を2期続けて過ぎると、承認が取り消されることがあります。赤字の期でも申告は必要です
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まとめ
- 法人の青色申告の承認申請書は、設立1期目なら設立の日以後3か月を経過した日と1期目の終了日のいずれか早い日の前日までに提出する。4月1日設立・3月決算なら6月30日
- 1期目が3か月未満の場合は、2期目について同じ考え方で期限を計算する特例がある
- 期限内に出していれば、事業年度の終了日（中間申告が必要な法人は開始から6か月を経過する日）までに処分がなければ承認があったものとみなされる
- 出し忘れると1期目は白色申告になり、創業期の赤字を繰り越せない。黒字化した年の税負担が増え、返済原資と純資産が削られる
- 銀行は申告書も見ている。設立直後の届出を期限内に済ませ、帳簿を整えることが、最初の融資への第一歩になる
スタートアップの設立前後の届出や、創業融資を見据えた決算書づくりは、スタートアップ・起業のサポートをご覧ください。初回のご相談は無料です。